戦い

百年の平和の後、突如現れた超大型巨人がシガンシナの外門を蹴り破る。住民が内側へ逃げる中、無垢の巨人が区内になだれ込む。続いて鎧の巨人がウォール・マリアの内門を破壊し、領土全体が失われた。エレン、ミカサ、アルミンはハンネスのおかげで生き延びるが、カルラ・イェーガーは息子の目の前で食われる。

ウォール・マリア陥落の翌年、政府は難民の大半を失われた領土を奪還するという名目の攻勢に送り出す。実際の目的は食糧不足の中で人口を減らすことだった。生きて戻ったのはごくわずか。死者の中にはアルミンの祖父もいた。

シガンシナから5年後、超大型巨人が再び現れてトロストの門を破る。卒業したばかりの第104期は区内に閉じ込められ、大きな犠牲を出す。エレンは食われるが巨人として姿を現し、その力が明らかになる。ピクシス司令はエレンを使って巨大な岩で穴を塞ぎ、人類は初めての勝利を手にした。

エルヴィンはトロスト区以来初の壁外調査を利用し、兵士の中に潜むスパイを罠にかけようとする。女型の巨人はエレンを探して陣形を突き破り、甚大な被害を出す。森ではエルヴィンの作戦で動きを封じるが、女型は他の巨人を呼んで逃れる。そしてリヴァイ班を全滅させ、エレンを捕らえかけるが、リヴァイとミカサが救い出す。

アルミンは女型の巨人が憲兵団にいるアニ・レオンハートだと推理する。エレンの王都への護送中、調査兵団はストヘス区でアニの捕獲を試みる。アニは巨人化し、エレンとの戦いで区は破壊される。エレンは勝つが、アニは水晶体に閉じこもる。さらに壁の中に巨人がいることが発覚する。

穴もないのにウォール・ローゼの内側に巨人が現れる。ミケは住民に知らせるため班を犠牲にし、言葉を話す獣の巨人と遭遇して食われる。第104期の新兵たちはウトガルド城で包囲され、彼らを救うためユミルが巨人であることを明かす。帰還後、ライナーとベルトルトは自分たちが鎧と超大型だと告白する。

調査兵団は鎧の巨人を巨大樹の森まで追う。エルヴィンは巨人の群れを戦士たちにぶつける捨て身の突撃を仕掛ける。混乱の中でミカサとアルミンがエレンを取り戻し、エルヴィンは片腕を失う。敗北寸前、エレンが巨人を殴りつけ、巨人たちに敵を襲わせる力を発動させる。

中央政府は調査兵団を反逆者とし、エレンとヒストリアの捕獲を図る。特殊装備で武装したケニー・アッカーマンの対人立体機動部隊が調査兵を狩る。リヴァイと班員は人間を殺すことを強いられる。一方、エルヴィンとザックレーは偽の王を倒す無血のクーデターを組織する。

レイス家の礼拝堂の地下空洞で、ロッドは始祖の力を取り戻すためヒストリアにエレンを食べさせようとする。ヒストリアは拒み、ロッドは自ら薬を摂取して巨大な巨人となる。エレンは「ヨロイ」と書かれた瓶を使って硬質化し、崩落を防ぐ。オルブド区で、ヒストリアがロッドの巨人にとどめを刺し、女王を宣言する。

調査兵団はシガンシナを封鎖し、グリシャ・イェーガーの地下室にたどり着くために出発する。戦士たちは待ち伏せていた。獣の巨人は兵士たちを巨人で包囲し、ベルトルトは街を焼き払う。エルヴィンはリヴァイが獣を討てるよう、新兵たちを率いて特攻する。アルミンは超大型を倒すため身を犠牲にし、リヴァイはエルヴィンではなくアルミンに注射を使って彼を救う。

4年にわたる戦争の末、マーレは沿岸のスラバ要塞を攻撃する。ガビやファルコを含むエルディア人兵士は、捨て駒として塹壕を進む。ガビは装甲列車を爆薬で破壊し、巨人の侵入を可能にする。獣の巨人は飛行船から空中で敵艦隊を壊滅させるが、この戦いは砲撃が巨人に匹敵し始めていることを示した。

パラディ島への宣戦布告となるヴィリー・タイバーの演説の最中、エレンはレベリオ収容区の真ん中で巨人化する。ヴィリーを殺し、戦鎚の巨人と戦う一方、調査兵団は戦士たちを攻撃する。ミカサの助けを得て、エレンはラーラ・タイバーを食べて戦鎚の力を手に入れる。脱出の際、ガビは飛行船に忍び込みサシャを殺す。

レベリオの後、エレンは投獄され、ジークは壁から離れた場所で監視下に置かれる。イェーガー派は爆弾でザックレーを暗殺し、エレンを解放する。ジークの脊髄液入りのワインを利用して、軍の大部分を掌握する。エレンは計画を実行するためジークと合流し、リヴァイとハンジは孤立する。

マーレはエレンを捕らえるためシガンシナに空からの奇襲をかける。エレンとジークは接触するため互いのもとへ向かい、ライナー、ピーク、ポルコがエレンを攻撃する。ジークの叫びが、脊髄液を飲んだ者たちをファルコも含めて巨人に変える。ガビがエレンの首を撃ち飛ばした時、エレンはジークに触れて「道」へ入り、ユミル・フリッツを説得して地鳴らしを発動する。

エレンは壁の中の超大型巨人を解き放ち、パラディ島の外の世界を平らにするべく進撃する。各国の軍は止めようとするが踏み潰される。パラディ島では、ジークの叫びで生まれた巨人たちが、ピクシスやナイルも含めて排除される。かつての敵同士が、世界が滅ぼされる前に彼を止めるため手を組む。

連合はキヨミの飛行艇を整備するためオディハの港に到着する。すでに港を押さえていたイェーガー派と衝突し、フロックは飛行艇の妨害を図る。地鳴らしの巨人が迫ると、ハンジは足止めのために残る。マガトとシャーディスは命を捧げてマーレの軍艦を破壊する。

連合は、マーレ最後の砦スラトア要塞の近くでエレンに追いつく。エレンは過去の巨人たちを蘇らせて立ち向かわせる。正気を取り戻したジークはリヴァイに首をはねられる。ミカサがエレンを討ち、ユミルの呪いは終わりを迎える。